然而,FDA在Makary任內也面臨多重挑戰。據《Precision Medicine Online》報導,美國衛生及公共服務部(HHS)曾於2025年4月裁撤近3,500名FDA人員。過去一年,FDA批准的新分子實體藥物總數從2024年的50項降至44項,顯示整體審批效率有所下降。藥廠業者也反映,與FDA監管人員安排科學會議的時間日益拉長,導致產品上市時程的不確定性增加。
FDA內部的人事動盪亦相當顯著。Makary任內,生物製藥評估與研究中心(CBER)及藥品評估與研究中心(CDER)皆經歷了五位不同的主任。今年2月,FDA拒絕批准莫德納(Moderna)的mRNA流感疫苗申請,引發業界對mRNA技術審批標準的疑慮。 Alliance for mRNA Medicines為此呼籲FDA應根據科學實證評估mRNA研究,並強調監管環境應具備可預測性、透明度及嚴謹的實證基礎。前CBER主任維奈·普拉薩德(Vinay Prasad)便在今年4月因薩雷普塔治療(Sarepta Therapeutics)的基因療法Elevidys銷售決策爭議,第二度離開CBER。