EES 啟用後,旅客在首次入境申根區時,邊境官員將掃描護照、採集指紋與臉部影像,並建立數位紀錄。歐盟表示,一旦旅客完成首次註冊,未來的旅行將有機會更快速、更流暢,因為系統可透過儲存的生物辨識資料識別回訪旅客。然而,在系統初期實施階段,部分機場與陸路口岸可能會出現較長的通關等待時間,尤其是在旅客首次使用 EES 時。
為因應此一變革,計畫前往申根區的台灣旅客應確保持有有效的生物特徵護照,並做好準備配合指紋及臉部掃描程序。在行程規劃上,建議預留充足的通關時間,尤其是在 EES 實施初期。此外,EES 也是歐盟推動「歐洲旅行資訊和授權系統(European Travel Information and Authorisation System, ETIAS)」的重要前置措施,ETIAS 將成為非免簽證旅客進入歐洲的另一個必要條件。