此期間,FDA和CDC高層經歷劇烈人事變動。FDA疫苗主管彼得·馬克斯醫師(Dr. Peter Marks)於2025年3月辭職,指控甘迺迪二世尋求「對其錯誤資訊和謊言的唯唯諾諾的證實」。而FDA生物製品評估與研究中心主任維奈·普拉薩德醫師(Dr. Vinay Prasad)在任職不到三個月後於2025年7月離職,雖於兩週後復職,卻在2026年3月6日再度宣布將於4月離職。CDC主任蘇珊·莫納雷茲(Susan Monarez)也因與甘迺迪二世在疫苗政策上意見不合,於2025年8月遭到白宮解職。
HHS同時大幅削減了疫苗相關的研發經費與合作計畫。2025年8月5日,HHS宣布將撤銷22個疫苗開發專案的合約並削減近5億美元資金,理由是信使核糖核酸(mRNA)技術對呼吸道病毒的風險大於益處。此外,HHS於2025年12月終止了對美國兒科學會(American Academy of Pediatrics)數百萬美元的補助,聲稱其倡議「不再符合HHS的使命或優先事項」。